В небольшом курортном городе Сайлент Хилл (Silent Hill) на основе верований предыдущих поколений образовался религиозный культ, под названием the Order – Орден. Суть культа заключалась в том, что в этот мир должна прийти Матерь бога, чтобы родить самого Бога и тот принесет в наш мир Рай и спасет грешные души людей. Для того чтобы продвигать идеи культа, Орден берет под свою опеку детский приют Дом надежд (Wish house) в густом лесу на окраине Сайлент Хилл. Люди, живущие неподалеку, утверждали, что слышали странные не христианские молитвы, доносящиеся из этого места, а также детский плачь. В этом приюте содержались, как брошенные дети, так и похищенные культом. Их насильно учили странной религии культа.

Культ возглавляется Далией Гилеспай (Dahlia Gilespie) и Леонардом Вольфом (Leonard Wolf). Далия одержима идеей призвания божества под именем Самаэль. Для увеличения контроля над городом и вовлечения в культ новых людей, она распространяет среди населения и туристов наркотик PTV, открытый ее соратником доктором Майклом Кауфманном (Michael Kaufmann). Наркотик делался из растущего только в пределах Сайлент Хилл растения под названием Уайт Клодия (White Claudia). Вызывающий скорую зависимость, он действовал на отделы головного мозга, материализую в сознании людей мощные галлюцинации. Вскоре на этом наркотике сидят некоторые члены городской администрации и члены полицейского управления города Сайлент Хилл.

Когда все было готово к священному ритуалу, у Далии родилась Алесса (Alessa). Далия тщательно промывала дочери мозги о ее святом предназначении, но девочку это мало волновало. Дети избегали ее, а в школе называли ведьмой, за ее паранормальные способности. Но с Алессой в мир приходит только половина Самаэля. Далия поджигает дом, где находилась Алесса. Девочка получает смертельные ожоги, но благодаря могущественной силе, заключенной в ней, она остается в живых. Доктор Кауфманн помещает ее в подвал больницы Алхемилла (Alchemylla), и приставляет к ней медсестру Лизу Гарланд (Lisa Garland), которую он преднамеренно подсаживает на наркотик, давая ей новые дозы за молчание.

Сила, заключенная в Алесса, вследствие тяжелой травмы, некоторым образом аккумулируется, и это позволяет ей оставаться живым трупом. Далия и Кауфманн повторяют ритуал. Рождается девочка по имени Шерил (Cheryl), она должна была пройти такие же ужасные муки, чтобы ненависть в ней пробудила бога. И действительно, из-за глубокой психологической травмы и переживаний сверхъестественные способности Алессы дают о себе знать. Так появляется параллельный город - город ночных кошмаров Алессы - Тихий Холм.

Лиза не может больше находиться там, она не может терпеть уход за изуродованной Алессой. Она просит Кауфманна о том, чтобы он отпустил ее. Но доктор не разрешает ей бросить свою страшную работу, иначе она не получит наркотик. Подозревая о чем-то ужасном, Лиза крадет маленькую Шерил и оставляет ее у дороги, недалеко от Сайлент Хилл. Ребенка находят писатель Гарри Мэйсон (Harry Mason) и его жена, отдыхающие в городе. Они удочеряют Алессу и уезжают с ней прочь из Сайлент Хилл.

Проходит несколько лет, Шерил взрослеет. Гарри, для которого единственным смыслом жизни после смерти жены стала маленькая дочь, решает отправиться с ней в Сайлент Хилл. Но по дороге он попадает в автокатастрофу, чуть не сбив вышедшую на дорогу девушку. Это была Алесса, но абсолютно здоровая, без единого ожога. Гарри просыпается утром в кафе, где встречает полицейскую Сибил Бэннет (Cybil Bennet), которая приехала в Сайлент Хилл, чтобы расследовать дело о распространяющимся среди населения наркотике и множества непонятных смертей. Сибил удивлена рассказом Гарри, и она становится его товарищем в поисках пропавшей Шерил. Так начинаются события первой части игры...

Гарри перемещается по туманному городку Silent Hill и встречает на своем пути ужасных существ, которые пытаются его убить. Постепенно, на туманный городок опускается ночь, Silent Hill становится эпицентром ужасных событий. Монстры становятся более ужасными, и меняется сам город, он внушает страх и отвращение. Постепенно, видя всякого рода видения, читая всевозможные дневники и записки, перед ним вырисовывается общая картина, происходящих в этом месте событий. Гарри сталкивается с культом, но он не успевает помешать ритуалу призвания Самаэля. Но Бог еще слаб, и Гарри убивает его. Алесса и Шерил, как духовные сестры, умирают. Но перед смертью, Алесса передает Гарри маленького ребенка. Гарри Мэйсон навсегда уезжает из Сайлент Хилл...