Об этом говорит и то, что в городе не осталось людей, он погружен в туман, безмолвие,одиночество, здесь нет культа, нет ни Клаудии, ни Винсента, (а если бы всё происходило ДО третей части, то несомненно, именно в эти годы в городе набирал бы обороты возрождаемый культ).
Ну и мелочи, как то, что в Сайлент Хилл 3 решётка на крыше Брукхевен цела. на автостоянке нет автомобиля, который видел джеймс и тп

Джеймс Сандерленд (James Sunderland) и его жена Мэри (Mary) когда-то отдыхали в тихом курортном городке Silent Hill. Мэри осталась без ума от этого места и захотела вернуться сюда еще раз. Но она заболевает раком и через некоторое время умирает. Джеймс теряет смысл жизни и замыкается в себе. Но через три года после смерти жены, он получает от нее письмо. Мэри пишет в письме, что она одна в их особом месте ждет его. Джеймс не может поверить своим глазам, но все же он приезжает в Сайлент Хилл.

В городе он попадает в водоворот странных событий. Он знакомиться с Анжелой Ороско (Angela Orosko), которая приехала сюда в поисках своих родителей, которые погибли несколько лет назад. Также он встречает маленькую девочку Лауру (Laura), которая говорит ему о том, что знает Мэри, что она не умерла. Он знакомиться с толстым парнем по имени Эдди Домбровски (Eddy Dombrowsky), который одержим всплесками агрессии, и бежал в Сайлент Хилл, потому что прострелил человеку ногу и убил его собаку. Но самый удивительный персонаж, которого встречает Джеймс это Мария (Maria), стриптизерша из местного бара Ночь в Раю (Heaven’s night). Мария является точной копией его жены Мэри, но она выглядит более привлекательно и ведет себя несколько развязано. Мария знать не знает, ни о какой Мэри, но она становится спутницей Джеймса в поисках его жены.

В течение игры, Джеймс узнает, что Мэри не умирала три года назад. А Марию несколько раз убивают на глазах у Джеймса. В конце игры он осознает страшную правду. Это он убил Мэри однако не три года назад, а непосредственно перед отъездом в Сайлент (не возил же Джеймс три года труп в багажнике, где он банально разложился бы), не выдержав ее страданий, Джеймс находит тело жены в машине и кончает жизнь самоубийством, сбросившись на машине в озеро Толука.